Lleva tu Investigación al Siguiente Nivel: Valida Interacciones Proteína-Ligando con GROMACS e Inteligencia Artificial
Deja de depender solo del docking estático. Aprende a construir, simular y analizar flujos de trabajo de Dinámica Molecular para respaldar tus tesis, papers o proyectos de descubrimiento de fármacos.
Reserva tu cupo gratuito ahora →La clase gratuita comienza en:
Asegura tu cupo antes de que se agoten los lugares
¿Tus simulaciones se quedan cortas a la hora de publicar o defender tu tesis?
Muchos estudiantes e investigadores realizan docking molecular, pero carecen de las herramientas para validar la estabilidad estructural de esos complejos en el tiempo. En esta sesión práctica, cerrarás la brecha entre la teoría y la biofísica computacional aplicada.
Fundamentos Sólidos
Comprende la física detrás de la simulación (campos de fuerza, energía potencial) para evitar errores fatales en tus cálculos.
Flujo de Trabajo Reproducible
Aprende a limpiar, solvatar y preparar topologías con CHARMM36 de forma profesional.
Evidencia para tu Tesis o Paper
Transforma trayectorias en gráficos claros (RMSD, RMSF) listos para tus informes científicos.
Agenda de la Sesión: De la Estructura PDB al Análisis con IA
Tres módulos diseñados para llevarte de la teoría a la aplicación práctica en 90 minutos
Módulo 1 Bioinformática Estructural y Fundamentos
- Qué son los archivos .pdb y cómo se representan proteínas, ligandos y complejos biomoleculares.
- Principios de dinámica molecular: energía potencial, campos de fuerza y condiciones periódicas.
- Flujo general completo: preparación, minimización, equilibración, producción y validación inicial.
Módulo 2 Preparación Rigurosa con GROMACS
- Cómo limpiar estructuras, revisar cadenas, residuos, agua, iones y ligandos correctamente.
- Construcción de topologías compatibles con GROMACS usando campos de fuerza como CHARMM36.
- Definición de caja de simulación, solvatación, neutralización y configuración de archivos .mdp.
Módulo 3 Docking con IA y Análisis de Trayectorias
- Uso de Inteligencia Artificial (DiffDock) para proponer complejos proteína-ligando iniciales de alta calidad.
- Análisis de estabilidad mediante RMSD, RMSF, contactos e inspección visual en VMD/PyMOL.
- Organización de resultados y generación de gráficos profesionales listos para tesis o artículos científicos.
Aprende de un Experto en Biofísica Computacional
Emilio Paredes Solis
Especialista en Biología Estructural y Simulaciones de Dinámica MolecularEmilio cuenta con experiencia sólida en bioinformática estructural y simulaciones aplicadas a sistemas biomoleculares. Su enfoque integra herramientas clásicas como GROMACS con técnicas modernas de Inteligencia Artificial.
- Investigador vinculado al Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt (UPCH)
- Proyectos de investigación relacionados con la University of Alberta (Canadá)
- Actualmente enfocado en neurociencia computacional en el Centro Bio de la UTEC e InnovaLab
- Domina el ecosistema completo: GROMACS, DiffDock, gmx_MMPBSA, VMD, PyMOL y Linux Ubuntu (CUDA/MPI)
Diseñado especialmente para:
Estudiantes y Egresados
De Bioingeniería, Biología, Biotecnología, Farmacia, Química, Ingeniería Biomédica y carreras afines que buscan aplicar herramientas computacionales modernas.
Tesistas e Investigadores
Que necesitan preparar, simular o interpretar sistemas proteína-ligando para sus tesis, papers o proyectos científicos con rigor metodológico.
Profesionales de la Industria
Interesados en GROMACS, DiffDock, VMD, PyMOL y gmx_MMPBSA para aplicaciones reales en diseño de fármacos y biotecnología.
✅ No requieres experiencia avanzada en GROMACS. Si tienes bases de biología molecular o química computacional, esta clase es tu mejor punto de partida.
Inscríbete gratis - Cupos limitados
Completa tus datos para recibir el enlace de acceso al webinar